Pese a los buenos resultados en salud, Coomeva EPS se ha visto impactada negativamente en su reputación, posicionamiento y reconocimiento de su valor social por múltiples factores, relacionados principalmente con los problemas estructurales del sistema de salud, dificultades en el cumplimiento del papel del Estado, insuficiente e inadecuada información pública sobre las razones de la crisis del sistema y desconocimiento del papel que han tenido que desempeñar Coomeva EPS ante dicha crisis.